Zakład Numerycznego Modelowania Przepływów wyodrębnił się z Zakładu Mechaniki Płynów Instytutu Techniki Cieplnej i Mechaniki Płynów w dniu 01.02.2003r. Zalążek Zakładu stanowiła grupa badawcza pod kierownictwem dr hab. inż. Henryka Kudeli, prof. PWr., w której skład wchodzili doktoranci: mgr Paweł Regucki i mgr inż. Robert Lewtak. W roku 2003 stan osobowy Zakładu powiększył się o doktoranta mgr inż. Ziemowita Malechę. W grudniu 2003r. odbyła się w Instytucie I-20 publiczna obrona pracy doktorskiej mgr Pawła Reguckiego p.t.: "Modelowanie trójwymiarowych przepływów wirowych metodami dyskretnych wirów" na kierunku Mechanika, specjalizacja Mechanika Płynów, Modelowanie numeryczne. Obrona pracy doktorskiej mgr inż. Roberta Lewtaka p.t. "Numeryczne modelowanie ruchu ośrodka wielofazowego w zastosowaniu do przepływu fluidalnego" odbyła się w lipcu 2005r. Mgr inż. Ziemowit Malecha obronił pracę doktorską p.t. "Modelowanie oddziaływań struktur wirowych ze ścianami w przepływach lepkich metoda cząstek wirowych" w grudniu 2008r. W roku 2006 do grupy dołączył mgr inż. Tomasz Kozłowski. Skład Zakładu ostatecznie uformował się wraz z przyjściem dr Marka Lewkowicza i mgr Teresy Lewkowicz w roku 2007 oraz dr inż. Katarzyny Strzeleckiej w październiku 2007.
W dniu 01 listopada 2007r., w wyniku reorganizacji struktur Wydziału, Zakład wszedł w skład nowopowstałego Instytutu Inżynierii Lotniczej, Procesowej i Maszyn Energetycznych I-22. W roku 2008 rozpoczął studia doktoranckie absolwent Politechniki Warszawskiej - mgr inż. Andrzej Kosior. Wraz z objęciem przez dr hab. inż. Henryka Kudelę w roku 2004 funkcji przewodniczącego Podsekcji Numerycznej Mechaniki Płynów, Sekcji Mechaniki Płynów Komitetu Mechaniki PAN, zespół Zakładu współorganizował i uczestniczył w minisypozjach i seminariach organizowanych w przez ośrodki naukowe w Poznaniu, Warszawie i Gdańsku.
W roku 2004r. przyznano Wydziałowi Mechaniczno-Energetycznemu Politechniki Wrocławskiej organizację XVIII Krajowej Konferencji Mechaniki Płynów, która odbyła się w dniach 17-21 września 2006r. w Bełchatowie. Obowiązki współorganizatora i gospodarza imprezy przejął na siebie Zakład Numerycznego Modelowania Przepływów. W ramach działalności Podsekcji Numerycznej Mechaniki Płynów, Zakład był również organizatorem polsko-francuskich warsztatów naukowych pt.: Polish-French workshop "Some topics on vortex dynamics", które odbyły się we Wrocławiu w dniach 28-29 listopada.2007r. z udziałem gości zagranicznych: dr Maurice'a Rossi (CNRS Institut Jean Le Rond d'Alembert University of Paris VI) i dr Ivana Delbende (LIMSI-CNRS University of Paris VI).